NetCDFでは試してないが、恐らく同様の現象が発生する。

問題

Pythonのhdf5pyなどでhdf5を読もうとすると、読み込み中のまま固まる。データはNFSでマウントしたサーバー上に存在している。環境はサーバーもクライアントもAlmalinux（8と9）。恐らくCentOSやUbuntuでも発生するはず。

解決法

以下のように環境変数を書いておく。.bashrcや.zshrcに書いても良いと思う。PBSやSlurmならバッチ投げるときに定義しないといけない。

export HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE

以上です。

参考

https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/nfs-utils/+bug/1903974